萌えるAI部に所属する主人公・桐島零一は＜強いAI＞アペイリアの開発に成功した。そして自我を持つAI・アペイリアと直接触れ合う方法を見つける過程で、アペイリアが完全没入型VRMMO『セカンド』を生み出してしまったことから、彼を取り巻く世界は変わってい…